对二级索引的随机插入或删除可能导致索引碎片化。碎片意味着磁盘上索引页的物理排序与页上记录的索引排序不接近，或者在分配给索引的64页块中有许多未使用的页。

碎片化的一个症状是表占用的空间比它更多”应该”接受。具体有多少是很难确定的。所有InnoDB数据和索引存储在b树,他们的填充因数可能从50%到100%不等。碎片化的另一个症状是这样的表扫描比它花费更多的时间”应该”花:

SELECT COUNT(*) FROM t WHEREnon_indexed_column< > 12345;

前面的查询要求MySQL执行全表扫描，这是对大表最慢的查询类型。

要加速索引扫描，可以定期执行”零”ALTER TABLE操作，将导致MySQL重新构建表:

ALTER TABLEtbl_name引擎= INNODB

你也可以用ALTER TABLEtbl_name力执行”零”重构表的Alter操作。

这两个ALTER TABLEtbl_name引擎= INNODB而且ALTER TABLEtbl_name力使用在线DDL．有关更多信息，请参见第15.12节“InnoDB和在线DDL”．

执行碎片整理操作的另一种方法是使用, mysqldump若要将表转储到文本文件中，请删除表，并从转储文件中重新加载表。

如果对索引的插入总是升序的，记录只从末尾删除，则InnoDB文件空间管理算法保证索引中不会出现碎片。